俄罗斯联邦司法机关主要有联邦宪法法院、联邦最高法院、联邦最高仲裁法院及联邦总检察院。不允许设立特别法庭。
联邦宪法法院对联邦委员会和国家杜马的法律、决定,联邦总统的命令,其他联邦机构的文件,各共和国的宪法,联邦主体的法律、章程和其他法规,联邦内部条约和国际条约是否符合联邦宪法,以及社会团体的成立和活动是否符合宪法的案件作出裁决。联邦宪法法院还对联邦国家权力机关之间、联邦国家权力机关和联邦主体国家权力机关之间以及联邦各主体国家机关之间的权限纠纷作出裁决。
联邦最高法院是民事、刑事、行政和其他案件的最高司法机关。根据联邦法律规定的诉讼程序对法院的活动实行司法监督,并对审判实践问题作出解释。
联邦最高仲裁法院是对经济纠纷和仲裁法院审理的其他案件进行裁决的最高司法机关。根据联邦法律规定的诉讼程序对仲裁法院的活动实行司法监督,并对审判实践问题作出解释。
联邦总检察院对犯罪案件侦查的合法性进行监督,支持在法院的公诉,为维护国家利益、公民的权利和自由而向法院提起诉讼,就国家机关、地方自治机关和公职人员的违法行为向法院提出异议。检察院系统实行集中统一领导体制。
联邦委员会根据总统提名任命联邦宪法法院、联邦最高法院和联邦最高仲裁法院法官以及联邦总检察长。